Sebagai upaya meningkatkan kapasitas ilmu pengetahuan dan teknologi dalam pembangunan nasional, sejak tahun anggaran 1992/1993 telah dilaksanakan kegiatan Riset Unggulan Terpadu (RUT). Hingga saat ini telah diselenggarakan RUT I sampai dengan RUT XI. 

Mulai tahun 2001 Program-program Riset Unggulan dilakukan secara langsung oleh Kementerian Riset dan Teknologi (KRT), dan Riset Unggulan Terpadu (RUT) dikoordinasikan melalui Deputi Bidang Program Riset, Ilmu Pengetahuan dan Teknologi. KRT terlibat secara langsung dalam pe-ngembangan kebijakan dan penganggaran RUT, sedangkan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) tetap melakukan fungsinya dalam melak-sanakan pengelolaan harian RUT termasuk pelaksanaan seleksi, monitoring dan evaluasi yang dilakukan oleh Tim Panel. 

Di dalam RUT XII ini dilakukan beberapa perubahan kebijakan, antara lain adalah: waktu tenggat penyampaian proposal, besarnya jumlah dana pene-litian yang diberikan, pengutamaan komoditas kelapa-sawit, dan prioritas bidang penelitian. Perubahan tersebut dilakukan untuk menyesuaikan dengan berbagai tuntutan perubahan dan kebijakan-kebijakan yang telah diambil oleh Kementerian Riset dan Teknologi.